Das Fichtelgebirge birgt noch eine Reihe an Pflanzenarten, die regional und überregional bedeutsam sind. Darunter sind Waldpflanzen, Arten der Moore und Bergwiesen, Pflanzen der Hecken, Säume, Magerrasen und Arten der Flachland-Mähwiesen in den Flussauen. Auch an und in Still- und Fließgewässern finden sich seltene Pflanzen, ebenso in Blockmeeren, an Steinbruchwänden, Ton-und Sandgruben. Die verschiedenen Bodenarten, die Höhen, Strukturen und Nutzungsformen prägen die Lebensgemeinschaften. Auch Eiszeitrelikte wie die Moorkiefer sind darunter.
Im Naturpark Fichtelgebirge ist die Kenntnislage zu den vorkommenden Pflanzen exzellent. Langjährig beobachtende Botanikerinnen und Botaniker dokumentieren die vorkommenden Arten und ergänzen die Florenlisten. Eine Pflanzendatei für heimische Wildpflanzen mit Gräsern und krautigen Pflanzen endet derzeit bei knapp 500 aufgelisteten Arten im Landkreis Wunsiedel. Dazu kommen die Gehölze, eingewanderte Arten und verwilderte Kulturpflanzen. Manche neu entdeckte, wärmeliebende Staude spiegelt auch die Klimaerwärmung wieder.
Wie in ganz Bayern ist der Verlust an Pflanzenarten auch im Fichtelgebirge spürbar. Orchideenarten sind verschollen, Arnikawiesen sind sehr selten und oft per Schutzgebietsverordnung geschützt, für einzelne Arten wie das Katzenpfötchen, die Buschnelke, die Glänzende Seerose oder die Schneeheide werden Artenhilfsmaßnahmen vom Naturpark Fichtelgebirge als Landschaftspflegeverband und anderen organisiert. Auch die Naturschutzprojekte der örtlichen Naturschutzverbände erhalten Fettkrautstandorte, Bergwiesen voller Knabenkräuter, Flachmoorwiesen mit Teufelsabbiss etc.. Dazu kommen vielgenutzte bayerische Förderprogramme zur extensiven Grünlandpflege der Naturschutzbehörden, die unsere typischen Blühwiesen des Mittelgebirges so gut wie möglich erhalten helfen.